deconvolutecommand.h

   1 #ifndef DECONVOLUTECOMMAND_H
   2 #define DECONVOLUTECOMMAND_H
   3 /*
   4  *  deconvolute.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
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  12 #include "command.hpp"
  13 #include "fastamap.h"
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  15 /* The unique.seqs command reads a fasta file, finds the duplicate sequences and outputs a names file
  16         containing 2 columns.  The first being the groupname and the second the list of identical sequence names. */
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  19 class DeconvoluteCommand : public Command {
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  21 public:
  22         DeconvoluteCommand(string);
  23         DeconvoluteCommand();
  24         ~DeconvoluteCommand() {}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "unique.seqs";         }
  28         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  29         string getHelpString();
  30         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Unique.seqs"; }
  31         string getDescription()         { return "creates a fasta containing the unique sequences as well as a namesfile with the names each sequence represents"; }
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  33
  34         int execute();
  35         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  36
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  38 private:
  39         string inFastaName, oldNameMapFName, outputDir;
  40         vector<string> outputNames;
  41
  42         bool abort;
  43 };
  44
  45 #endif