deconvolutecommand.h

   1 #ifndef DECONVOLUTECOMMAND_H
   2 #define DECONVOLUTECOMMAND_H
   3 /*
   4  *  deconvolute.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "fastamap.h"
  14 #include "counttable.h"
  15
  16 /* The unique.seqs command reads a fasta file, finds the duplicate sequences and outputs a names file
  17         containing 2 columns.  The first being the groupname and the second the list of identical sequence names. */
  18
  19
  20 class DeconvoluteCommand : public Command {
  21
  22 public:
  23         DeconvoluteCommand(string);
  24         DeconvoluteCommand();
  25         ~DeconvoluteCommand() {}
  26
  27         vector<string> setParameters();
  28         string getCommandName()                 { return "unique.seqs";         }
  29         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  30     string getOutputFileNameTag(string, string);
  31         string getHelpString();
  32         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Unique.seqs"; }
  33         string getDescription()         { return "creates a fasta containing the unique sequences as well as a namesfile with the names each sequence represents"; }
  34
  35
  36         int execute();
  37         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  38
  39
  40 private:
  41         string inFastaName, oldNameMapFName, outputDir, countfile;
  42         vector<string> outputNames;
  43
  44         bool abort;
  45 };
  46
  47 #endif