deconvolutecommand.h

   1 #ifndef DECONVOLUTECOMMAND_H
   2 #define DECONVOLUTECOMMAND_H
   3 /*
   4  *  deconvolute.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <iostream>
  13 #include <fstream>
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "utilities.hpp"
  16 #include "fastamap.h"
  17 #include "globaldata.hpp"
  18
  19 /* The deconvolute command reads a fasta file, finds the duplicate sequences and outputs a names file
  20         containing 2 columns.  The first being the groupname and the second the list of identical sequence names. */
  21
  22 using namespace std;
  23
  24 class DeconvoluteCommand : public Command {
  25
  26 public:
  27         DeconvoluteCommand() {};
  28         ~DeconvoluteCommand() { delete fastamap; };
  29         int execute();
  30
  31 private:
  32         GlobalData* globaldata;
  33         FastaMap* fastamap;
  34         ifstream in;
  35         ofstream out;
  36         string filename, outputFileName;
  37
  38 };
  39
  40 #endif