deconvolutecommand.h

   1 #ifndef DECONVOLUTECOMMAND_H
   2 #define DECONVOLUTECOMMAND_H
   3 /*
   4  *  deconvolute.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "fastamap.h"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15
  16 /* The unique.seqs command reads a fasta file, finds the duplicate sequences and outputs a names file
  17         containing 2 columns.  The first being the groupname and the second the list of identical sequence names. */
  18
  19
  20 class DeconvoluteCommand : public Command {
  21
  22 public:
  23         DeconvoluteCommand(string);
  24         ~DeconvoluteCommand() { delete fastamap; };
  25         int execute();
  26         void help();
  27
  28 private:
  29         GlobalData* globaldata;
  30         FastaMap* fastamap;
  31         ifstream in;
  32         ofstream out, outFasta;
  33         string filename, outputFileName, outFastafile;
  34         OptionParser* parser;
  35         map<string, string> parameters;
  36         map<string, string>::iterator it;
  37         bool abort;
  38
  39
  40 };
  41
  42 #endif