deconvolutecommand.cpp

   1 /*
   2  *  deconvolute.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "deconvolutecommand.h"
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  12 /**************************************************************************************/
  13 DeconvoluteCommand::DeconvoluteCommand(string option) {
  14         try {
  15                 abort = false;
  16
  17                 //allow user to run help
  18                 if(option == "help") { help(); abort = true; }
  19
  20                 else {
  21                         //valid paramters for this command
  22                         string Array[] =  {"fasta", "name"};
  23                         vector<string> myArray (Array, Array+(sizeof(Array)/sizeof(string)));
  24
  25                         OptionParser parser(option);
  26                         map<string,string> parameters = parser.getParameters();
  27
  28                         ValidParameters validParameter;
  29
  30                         //check to make sure all parameters are valid for command
  31                         for (map<string, string>::iterator it = parameters.begin(); it != parameters.end(); it++) {
  32                                 if (validParameter.isValidParameter(it->first, myArray, it->second) != true) {  abort = true;  }
  33                         }
  34
  35                         //check for required parameters
  36                         inFastaName = validParameter.validFile(parameters, "fasta", true);
  37                         if (inFastaName == "not open") { abort = true; }
  38                         else if (inFastaName == "not found") { inFastaName = ""; cout << "fasta is a required parameter for the unique.seqs command." << endl; abort = true;  }
  39
  40                         oldNameMapFName = validParameter.validFile(parameters, "name", true);
  41                         if (oldNameMapFName == "not open") { abort = true; }
  42                         else if (oldNameMapFName == "not found"){       oldNameMapFName = "";   }
  43                 }
  44
  45         }
  46         catch(exception& e) {
  47                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the DeconvoluteCommand class Function DeconvoluteCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  48                 exit(1);
  49         }
  50         catch(...) {
  51                 cout << "An unknown error has occurred in the DeconvoluteCommand class function DeconvoluteCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  52                 exit(1);
  53         }
  54 }
  55 //**********************************************************************************************************************
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  57 void DeconvoluteCommand::help(){
  58         try {
  59                 cout << "The unique.seqs command reads a fastafile and creates a namesfile." << "\n";
  60                 cout << "It creates a file where the first column is the groupname and the second column is a list of sequence names who have the same sequence. " << "\n";
  61                 cout << "If the sequence is unique the second column will just contain its name. " << "\n";
  62                 cout << "The unique.seqs command parameter is fasta and it is required." << "\n";
  63                 cout << "The unique.seqs command should be in the following format: " << "\n";
  64                 cout << "unique.seqs(fasta=yourFastaFile) " << "\n";
  65         }
  66         catch(exception& e) {
  67                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the DeconvoluteCommand class Function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  68                 exit(1);
  69         }
  70         catch(...) {
  71                 cout << "An unknown error has occurred in the DeconvoluteCommand class function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  72                 exit(1);
  73         }
  74 }
  75
  76 /**************************************************************************************/
  77 int DeconvoluteCommand::execute() {
  78         try {
  79
  80                 if (abort == true) { return 0; }
  81
  82                 //prepare filenames and open files
  83                 string outNameFile = (getRootName(inFastaName) + "names");
  84                 string outFastaFile = (getRootName(inFastaName) + "unique" + getExtension(inFastaName));
  85
  86                 FastaMap fastamap;
  87
  88                 if(oldNameMapFName == "")       {       fastamap.readFastaFile(inFastaName);                                    }
  89                 else                                            {       fastamap.readFastaFile(inFastaName, oldNameMapFName);   }
  90
  91                 fastamap.printCondensedFasta(outFastaFile);
  92                 fastamap.printNamesFile(outNameFile);
  93
  94                 return 0;
  95         }
  96         catch(exception& e) {
  97                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the DeconvoluteCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  98                 exit(1);
  99         }
 100         catch(...) {
 101                 cout << "An unknown error has occurred in the DeconvoluteCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 102                 exit(1);
 103         }
 104 }
 105 /**************************************************************************************/