deconvolutecommand.cpp

   1 /*
   2  *  deconvolute.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/21/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "deconvolutecommand.h"
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  12 /**************************************************************************************/
  13 DeconvoluteCommand::DeconvoluteCommand(string option) {
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16                 abort = false;
  17
  18                 //allow user to run help
  19                 if(option == "help") { help(); abort = true; }
  20
  21                 else {
  22                         //valid paramters for this command
  23                         string Array[] =  {"fasta"};
  24                         vector<string> myArray (Array, Array+(sizeof(Array)/sizeof(string)));
  25
  26                         parser = new OptionParser();
  27                         parser->parse(option, parameters);  delete parser;
  28
  29                         ValidParameters* validParameter = new ValidParameters();
  30
  31                         //check to make sure all parameters are valid for command
  32                         for (it = parameters.begin(); it != parameters.end(); it++) {
  33                                 if (validParameter->isValidParameter(it->first, myArray, it->second) != true) {  abort = true;  }
  34                         }
  35
  36                         //check for required parameters
  37                         filename = validParameter->validFile(parameters, "fasta", true);
  38                         if (filename == "not open") { abort = true; }
  39                         else if (filename == "not found") { filename = ""; cout << "fasta is a required parameter for the unique.seqs command." << endl; abort = true;  }
  40                         else {  globaldata->setFastaFile(filename);  globaldata->setFormat("fasta");    }
  41
  42                         delete validParameter;
  43                 }
  44
  45         }
  46         catch(exception& e) {
  47                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the DeconvoluteCommand class Function DeconvoluteCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  48                 exit(1);
  49         }
  50         catch(...) {
  51                 cout << "An unknown error has occurred in the DeconvoluteCommand class function DeconvoluteCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  52                 exit(1);
  53         }
  54 }
  55 //**********************************************************************************************************************
  56
  57 void DeconvoluteCommand::help(){
  58         try {
  59                 cout << "The unique.seqs command reads a fastafile and creates a namesfile." << "\n";
  60                 cout << "It creates a file where the first column is the groupname and the second column is a list of sequence names who have the same sequence. " << "\n";
  61                 cout << "If the sequence is unique the second column will just contain its name. " << "\n";
  62                 cout << "The unique.seqs command parameter is fasta and it is required." << "\n";
  63                 cout << "The unique.seqs command should be in the following format: " << "\n";
  64                 cout << "unique.seqs(fasta=yourFastaFile) " << "\n";
  65         }
  66         catch(exception& e) {
  67                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the DeconvoluteCommand class Function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  68                 exit(1);
  69         }
  70         catch(...) {
  71                 cout << "An unknown error has occurred in the DeconvoluteCommand class function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  72                 exit(1);
  73         }
  74 }
  75
  76 /**************************************************************************************/
  77 int DeconvoluteCommand::execute() {
  78         try {
  79
  80                 if (abort == true) { return 0; }
  81
  82                 //prepare filenames and open files
  83                 outputFileName = (getRootName(filename) + "names");
  84                 outFastafile = (getRootName(filename) + "unique.fasta");
  85
  86                 openInputFile(filename, in);
  87                 openOutputFile(outputFileName, out);
  88                 openOutputFile(outFastafile, outFasta);
  89
  90                 //constructor reads in file and store internally
  91                 fastamap = new FastaMap();
  92
  93                 //two columns separated by tabs sequence name and then sequence
  94                 fastamap->readFastaFile(in);
  95
  96                 //print out new names file
  97                 //file contains 2 columns separated by tabs.  the first column is the groupname(name of first sequence found.
  98                 //the second column is the list of names of identical sequences separated by ','.
  99                 fastamap->printNamesFile(out);
 100                 fastamap->printCondensedFasta(outFasta);
 101
 102                 out.close();
 103                 outFasta.close();
 104
 105                 return 0;
 106         }
 107         catch(exception& e) {
 108                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the DeconvoluteCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 109                 exit(1);
 110         }
 111         catch(...) {
 112                 cout << "An unknown error has occurred in the DeconvoluteCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 113                 exit(1);
 114         }
 115 }
 116 /**************************************************************************************/