decalc.h

   1 #ifndef DECALC_H
   2 #define DECALC_H
   3 /*
   4  *  decalc.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 7/22/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "sequence.hpp"
  14
  15 /***********************************************************************/
  16
  17 //This class was created using the algorythms described in the
  18 // "At Least 1 in 20 16S rRNA Sequence Records Currently Held in the Public Repositories is Estimated To Contain Substantial Anomalies" paper
  19 //by Kevin E. Ashelford 1, Nadia A. Chuzhanova 3, John C. Fry 1, Antonia J. Jones 2 and Andrew J. Weightman 1.
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 class DeCalculator {
  24
  25         public:
  26
  27                 void trimSeqs(Sequence*, Sequence, map<int, int>&);
  28                 vector<float> readFreq();
  29                 vector<float> calcFreq(vector<Sequence*>);
  30
  31                 vector<Sequence> findPairs(int, int);
  32                 vector<int> findWindows(Sequence*, int, int, int&);
  33                 vector<float> calcObserved(Sequence*, Sequence, vector<int>, int);
  34                 vector<float>  calcExpected(vector<float>, float);
  35                 vector<float>  findQav(vector<int>, int);
  36                 float calcDE(vector<float>, vector<float>);
  37                 float calcDist(Sequence*, Sequence, int, int);
  38                 float getCoef(vector<float>, vector<float>);
  39
  40         private:
  41
  42
  43 };
  44
  45 /***********************************************************************/
  46
  47 #endif