database.hpp

   1 #ifndef DATABASE_HPP
   2 #define DATABASE_HPP
   3
   4 /*
   5  *  database.hpp
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/16/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 /* This class is a parent to blastdb, distancedb, kmerdb, suffixdb.  Which are used to convert a squencedb object into that form. */
  15
  16 #include "mothur.h"
  17
  18 class Sequence;
  19
  20 class Database {
  21 public:
  22         Database(string);
  23         virtual ~Database();
  24         virtual Sequence findClosestSequence(Sequence*) = 0;
  25         virtual float getSearchScore();
  26         virtual int getLongestBase();
  27
  28 protected:
  29         int numSeqs, longest;
  30         float searchScore;
  31         vector<Sequence> templateSequences;
  32 };
  33
  34 #endif