counttable.h

   1 #ifndef Mothur_counttable_h
   2 #define Mothur_counttable_h
   3
   4
   5 //
   6 //  counttable.h
   7 //  Mothur
   8 //
   9 //  Created by Sarah Westcott on 6/26/12.
  10 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  11 //
  12
  13 //This class is designed to read a count table file and store its data.
  14 //count table files look like:
  15
  16 /*
  17  Representative_Sequence        total   F003D000        F003D002        F003D004        F003D006        F003D008        F003D142        F003D144        F003D146        F003D148        F003D150        MOCK.GQY1XT001
  18  GQY1XT001C296C 6051    409     985     923     937     342     707     458     439     387     464     0
  19  GQY1XT001A3TJI 4801    396     170     413     442     306     769     581     576     497     651     0
  20  GQY1XT001CS2B8 3018    263     226     328     460     361     336     248     290     187     319     0
  21  GQY1XT001CD9IB 2736    239     177     256     405     306     286     263     248     164     392     0
  22
  23  or if no group info was used to create it
  24
  25  Representative_Sequence        total
  26  GQY1XT001C296C 6051
  27  GQY1XT001A3TJI 4801
  28  GQY1XT001CS2B8 3018
  29  GQY1XT001CD9IB 2736
  30  GQY1XT001ARCB1 2183
  31  GQY1XT001CNF2P 2796
  32  GQY1XT001CJMDA 1667
  33  GQY1XT001CBVJB 3758
  34
  35
  36  */
  37
  38
  39 #include "mothurout.h"
  40 #include "listvector.hpp"
  41
  42 class CountTable {
  43
  44     public:
  45
  46         CountTable() { m = MothurOut::getInstance(); hasGroups = false; total = 0; }
  47         ~CountTable() {}
  48
  49         int readTable(string);
  50
  51         bool hasGroupInfo() { return hasGroups; }
  52         int getNumGroups() { return groups.size(); }
  53         vector<string> getNamesOfGroups() {  return groups;   }  //returns group names, if no group info vector is blank.
  54
  55         int push_back(string); //add a sequence
  56         int push_back(string, int); //add a sequence
  57         int push_back(string, vector<int>); //add a sequence with group info
  58         int get(string); //returns unique sequence index for reading distance matrices like NameAssignment
  59         int size() { return indexNameMap.size(); }
  60
  61         vector<int> getGroupCounts(string);  //returns group counts for a seq passed in, if no group info is in file vector is blank. Order is the same as the groups returned by getGroups function.
  62         int getGroupCount(string, string); //returns number of seqs for that group for that seq
  63         int getGroupCount(string); // returns total seqs for that group
  64         int getNumSeqs(string); //returns total seqs for that seq
  65         int getNumSeqs() { return total; } //return total number of seqs
  66         int getNumUniqueSeqs() { return uniques; } //return number of unique/representative seqs
  67         int getGroupIndex(string); //returns index in getGroupCounts vector of specific group
  68
  69         vector<string> getNamesOfSeqs();
  70         int mergeCounts(string, string); //combines counts for 2 seqs, saving under the first name passed in.
  71         ListVector getListVector();
  72
  73     private:
  74         string filename;
  75         MothurOut* m;
  76         bool hasGroups;
  77         int total, uniques;
  78         vector<string> groups;
  79         vector< vector<int> > counts;
  80         vector<int> totals;
  81         vector<int> totalGroups;
  82         map<string, int> indexNameMap;
  83         map<string, int> indexGroupMap;
  84
  85 };
  86
  87 #endif