counttable.h

   1 #ifndef Mothur_counttable_h
   2 #define Mothur_counttable_h
   3
   4
   5 //
   6 //  counttable.h
   7 //  Mothur
   8 //
   9 //  Created by Sarah Westcott on 6/26/12.
  10 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  11 //
  12
  13 //This class is designed to read a count table file and store its data.
  14 //count table files look like:
  15
  16 /*
  17  Representative_Sequence        total   F003D000        F003D002        F003D004        F003D006        F003D008        F003D142        F003D144        F003D146        F003D148        F003D150        MOCK.GQY1XT001
  18  GQY1XT001C296C 6051    409     985     923     937     342     707     458     439     387     464     0
  19  GQY1XT001A3TJI 4801    396     170     413     442     306     769     581     576     497     651     0
  20  GQY1XT001CS2B8 3018    263     226     328     460     361     336     248     290     187     319     0
  21  GQY1XT001CD9IB 2736    239     177     256     405     306     286     263     248     164     392     0
  22
  23  or if no group info was used to create it
  24
  25  Representative_Sequence        total
  26  GQY1XT001C296C 6051
  27  GQY1XT001A3TJI 4801
  28  GQY1XT001CS2B8 3018
  29  GQY1XT001CD9IB 2736
  30  GQY1XT001ARCB1 2183
  31  GQY1XT001CNF2P 2796
  32  GQY1XT001CJMDA 1667
  33  GQY1XT001CBVJB 3758
  34
  35
  36  */
  37
  38
  39 #include "mothurout.h"
  40 #include "listvector.hpp"
  41 #include "groupmap.h"
  42
  43 class CountTable {
  44
  45     public:
  46
  47         CountTable() { m = MothurOut::getInstance(); hasGroups = false; total = 0; uniques = 0; }
  48         ~CountTable() {}
  49
  50         //reads and creates smart enough to eliminate groups with zero counts
  51         int createTable(set<string>&, map<string, string>&, set<string>&); //seqNames, seqName->group, groupNames
  52         int createTable(string, string, bool); //namefile, groupfile, createGroup
  53         int readTable(string);
  54
  55         int printTable(string);
  56         int printHeaders(ofstream&);
  57         int printSeq(ofstream&, string);
  58         bool testGroups(string file); //used to check if file has group data without reading it.
  59         int copy(CountTable*);
  60
  61         bool hasGroupInfo() { return hasGroups; }
  62         int getNumGroups() { return groups.size(); }
  63         vector<string> getNamesOfGroups() {  return groups;   }  //returns group names, if no group info vector is blank.
  64         int addGroup(string);
  65         int removeGroup(string);
  66
  67         int renameSeq(string, string); //used to change name of sequence for use with trees
  68         int setAbund(string, string, int); //set abundance number of seqs for that group for that seq
  69         int push_back(string); //add a sequence
  70         int push_back(string, int); //add a sequence
  71         int push_back(string, vector<int>); //add a sequence with group info
  72         int remove(string); //remove seq
  73         int get(string); //returns unique sequence index for reading distance matrices like NameAssignment
  74         int size() { return indexNameMap.size(); }
  75
  76         vector<string> getGroups(string); //returns vector of groups represented by this sequences
  77         vector<int> getGroupCounts(string);  //returns group counts for a seq passed in, if no group info is in file vector is blank. Order is the same as the groups returned by getGroups function.
  78         int getGroupCount(string, string); //returns number of seqs for that group for that seq
  79         int getGroupCount(string); // returns total seqs for that group
  80         int getNumSeqs(string); //returns total seqs for that seq, 0 if not found
  81         int getNumSeqs() { return total; } //return total number of seqs
  82         int getNumUniqueSeqs() { return uniques; } //return number of unique/representative seqs
  83         int getGroupIndex(string); //returns index in getGroupCounts vector of specific group
  84
  85         vector<string> getNamesOfSeqs();
  86         vector<string> getNamesOfSeqs(string);
  87         int mergeCounts(string, string); //combines counts for 2 seqs, saving under the first name passed in.
  88         ListVector getListVector();
  89         map<string, int> getNameMap();
  90
  91     private:
  92         string filename;
  93         MothurOut* m;
  94         bool hasGroups;
  95         int total, uniques;
  96         vector<string> groups;
  97         vector< vector<int> > counts;
  98         vector<int> totals;
  99         vector<int> totalGroups;
 100         map<string, int> indexNameMap;
 101         map<string, int> indexGroupMap;
 102
 103 };
 104
 105 #endif