corraxescommand.h

   1 #ifndef CORRAXESCOMMAND_H
   2 #define CORRAXESCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  corraxescommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 12/22/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "sharedrabundfloatvector.h"
  15 #include "inputdata.h"
  16
  17
  18 class CorrAxesCommand : public Command {
  19 public:
  20         CorrAxesCommand(string);
  21         CorrAxesCommand();
  22         ~CorrAxesCommand(){}
  23
  24         vector<string> setParameters();
  25         string getCommandName()                 { return "corr.axes";                           }
  26         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";          }
  27         string getHelpString();
  28         string getCitation() { return "McCune B, Grace JB, Urban DL (2002). Analysis of ecological communities. MjM Software Design: Gleneden Beach, OR. \nLegendre P, Legendre L (1998). Numerical Ecology. Elsevier: New York. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Corr.axes"; }
  29         string getDescription()         { return "calculate the correlation coefficient for each column in a shared/relabund file to the axes displayed in a pcoa file"; }
  30
  31         int execute();
  32         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  33 private:
  34
  35         string axesfile, sharedfile, relabundfile, metadatafile, groups, label, inputFileName, outputDir, method;
  36         bool abort, pickedGroups;
  37         int numaxes;
  38         set<string> names;
  39
  40         vector<string> outputNames, Groups;
  41         vector<SharedRAbundFloatVector*> lookupFloat;
  42         vector<string> metadataLabels;
  43
  44         int getSharedFloat(InputData*);
  45         int getMetadata();
  46         int eliminateZeroOTUS(vector<SharedRAbundFloatVector*>&);
  47         map<string, vector<float> > readAxes();
  48         int calcPearson(map<string, vector<float> >&, ofstream&);
  49         int calcSpearman(map<string, vector<float> >&, ofstream&);
  50         int calcKendall(map<string, vector<float> >&, ofstream&);
  51
  52 };
  53
  54
  55 #endif
  56
  57