corraxescommand.h

   1 #ifndef CORRAXESCOMMAND_H
   2 #define CORRAXESCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  corraxescommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 12/22/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "sharedrabundfloatvector.h"
  15 #include "inputdata.h"
  16
  17 /***************************************************************/
  18 struct spearmanRank {
  19         string name;
  20         float score;
  21
  22         spearmanRank(string n, float s) : name(n), score(s) {}
  23 };
  24 /***************************************************************/
  25
  26 class CorrAxesCommand : public Command {
  27 public:
  28         CorrAxesCommand(string);
  29         CorrAxesCommand();
  30         ~CorrAxesCommand();
  31         vector<string> getRequiredParameters();
  32         vector<string> getValidParameters();
  33         vector<string> getRequiredFiles();
  34         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  35         int execute();
  36         void help();
  37
  38 private:
  39
  40
  41         GlobalData* globaldata;
  42         string axesfile, sharedfile, relabundfile, metadatafile, groups, label, inputFileName, outputDir, method;
  43         bool abort, pickedGroups;
  44         int numaxes;
  45         set<string> names;
  46
  47         vector<string> outputNames, Groups;
  48         map<string, vector<string> > outputTypes;
  49         vector<SharedRAbundFloatVector*> lookupFloat;
  50         vector<string> metadataLabels;
  51
  52         int getSharedFloat(InputData*);
  53         int getMetadata();
  54         int eliminateZeroOTUS(vector<SharedRAbundFloatVector*>&);
  55         map<string, vector<float> > readAxes();
  56         int calcPearson(map<string, vector<float> >&, ofstream&);
  57         int calcSpearman(map<string, vector<float> >&, ofstream&);
  58         int calcKendall(map<string, vector<float> >&, ofstream&);
  59
  60 };
  61
  62
  63 #endif
  64
  65