communitytype.h

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   2 //  communitytype.h
   3 //  Mothur
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   5 //  Created by SarahsWork on 12/3/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
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   9 #ifndef Mothur_communitytype_h
  10 #define Mothur_communitytype_h
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  12 #define EPSILON numeric_limits<double>::epsilon()
  13
  14
  15 #include "mothurout.h"
  16 #include "linearalgebra.h"
  17 /**************************************************************************************************/
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  19 class CommunityTypeFinder {
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  21 public:
  22         CommunityTypeFinder(){  m = MothurOut::getInstance();  }
  23         virtual ~CommunityTypeFinder(){};
  24
  25     virtual void printZMatrix(string, vector<string>);
  26     virtual void printRelAbund(string, vector<string>);
  27     virtual void printFitData(ofstream&) {}
  28     virtual void printFitData(ostream&, double) {}
  29     virtual void printSilData(ofstream&, double, vector<double>);
  30     virtual void printSilData(ostream&, double, vector<double>);
  31
  32     virtual double getNLL()     {    return currNLL;        }
  33     virtual double getAIC()     {    return aic;            }
  34     virtual double getBIC()     {    return bic;            }
  35     virtual double getLogDet()  {    return logDeterminant; }
  36     virtual double getLaplace() {    return laplace;        }
  37
  38     virtual double calcCHIndex(vector< vector< double> >) {return 0;}  //Calinski-Harabasz
  39     virtual vector<double> calcSilhouettes(vector< vector< double> >) {  vector<double> s; return s; } //if none provided by child class
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  41
  42 protected:
  43
  44     int findkMeans();
  45     vector<vector<double> > getHessian();
  46     double psi1(double);
  47     double psi(double);
  48     double cheb_eval(const double[], int, double);
  49
  50
  51         MothurOut* m;
  52     vector<vector<double> > zMatrix;
  53     vector<vector<double> > lambdaMatrix;
  54     vector<vector<double> > error;
  55     vector<vector<int> > countMatrix;
  56     vector<double> weights;
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  59
  60     int numPartitions;
  61     int numSamples;
  62     int numOTUs;
  63     int currentPartition;
  64
  65     double currNLL, aic, bic, logDeterminant, laplace;
  66
  67
  68 };
  69
  70 /**************************************************************************************************/
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  74
  75 #endif