commandoptionparser.cpp

   1 /*
   2  *  commandoptionparser.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 10/23/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
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   8  */
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  11 using namespace std;
  12
  13 #include "globaldata.hpp"
  14 #include "commandoptionparser.hpp"
  15 #include "mothur.h"
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  17 //**********************************************************************************************************************
  18 //This Function parses through the command line and pulls out the command then sends the options to  the parseGlobalData
  19 CommandOptionParser::CommandOptionParser(string input){
  20         try {
  21                 int openParen = input.find_first_of('(');
  22                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  23                 string optionString = "";
  24                 commandString = "";
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  26                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  27                         commandString = input.substr(0, openParen);   //commandString contains everything before "("
  28                         optionString = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  29                 }
  30
  31                 GlobalData* globaldata = GlobalData::getInstance();
  32                 globaldata->parseGlobalData(commandString, optionString);                       //parser to separate and check options
  33         }
  34         catch(exception& e) {
  35                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the CommandOptionParser class Function CommandOptionParser. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  36                 exit(1);
  37         }
  38         catch(...) {
  39                 cout << "An unknown error has occurred in the CommandOptionParser class function CommandOptionParser. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  40                 exit(1);
  41         }
  42
  43 }
  44
  45 //**********************************************************************************************************************
  46
  47 string CommandOptionParser::getCommandString()  {       return commandString;   }
  48
  49 //**********************************************************************************************************************