command.hpp

   1 #ifndef COMMAND_HPP
   2 #define COMMAND_HPP
   3
   4 /*
   5  *  command.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 10/23/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 /*This class is a parent to all the command classes.  */
  14
  15
  16 #include "mothur.h"
  17 #include "optionparser.h"
  18 #include "validparameter.h"
  19 #include "mothurout.h"
  20
  21
  22 class Command {
  23
  24         public:
  25                 Command() {  m = MothurOut::getInstance();   }
  26                 virtual vector<string> getValidParameters() = 0;
  27                 virtual vector<string> getRequiredParameters() = 0; //adding "or" as the last element indicates one of the previous is needed
  28                 virtual vector<string> getRequiredFiles() = 0; //adding "or" as the last element indicates one of the previous is needed
  29                 virtual map<string, vector<string> > getOutputFiles() = 0; //file type to names
  30                 virtual int execute() = 0;
  31                 virtual void help() = 0;
  32                 virtual ~Command() { }
  33         protected:
  34                 MothurOut* m;
  35                 bool calledHelp;
  36
  37                 map<string, vector<string> >::iterator itTypes;
  38 };
  39
  40 #endif