clusterfragmentscommand.h

   1 #ifndef CLUSTERFRAGMENTSCOMMAND_H
   2 #define CLUSTERFRAGMENTSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  clusterfragmentscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 9/23/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "sequence.hpp"
  16 #include "counttable.h"
  17
  18 /************************************************************/
  19 struct seqRNode {
  20         int numIdentical;
  21         int length;
  22         Sequence seq;
  23         string names;
  24         bool active;
  25         seqRNode() {}
  26         seqRNode(int n, Sequence s, string nm, int l) : numIdentical(n), seq(s), names(nm), active(1), length(l) {}
  27         ~seqRNode() {}
  28 };
  29 /************************************************************/
  30
  31 class ClusterFragmentsCommand : public Command {
  32
  33 public:
  34         ClusterFragmentsCommand(string);
  35         ClusterFragmentsCommand();
  36         ~ClusterFragmentsCommand() {}
  37
  38         vector<string> setParameters();
  39         string getCommandName()                 { return "cluster.fragments";           }
  40         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  41
  42         string getHelpString();
  43     string getOutputPattern(string);
  44         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Cluster.fragments"; }
  45         string getDescription()         { return "creates a namesfile with sequences that are a fragment of a larger sequence"; }
  46
  47         int execute();
  48         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  49
  50 private:
  51     CountTable ct;
  52         bool abort;
  53         string fastafile, namefile, countfile, outputDir;
  54         int diffs, percent;
  55         vector<seqRNode> alignSeqs;
  56         map<string, string> names; //represents the names file first column maps to second column
  57         map<string, int> sizes;  //this map a seq name to the number of identical seqs in the names file
  58         map<string, int>::iterator itSize;
  59         vector<string> outputNames;
  60
  61         int readFASTA();
  62         void readNameFile();
  63         void printData(string, string); //fasta filename, names file name
  64         bool isFragment(string, string);
  65
  66 };
  67
  68 /************************************************************/
  69
  70 #endif
  71