clusterfragmentscommand.h

   1 #ifndef CLUSTERFRAGMENTSCOMMAND_H
   2 #define CLUSTERFRAGMENTSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  clusterfragmentscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 9/23/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "sequence.hpp"
  16
  17 /************************************************************/
  18 struct seqRNode {
  19         int numIdentical;
  20         int length;
  21         Sequence seq;
  22         string names;
  23         bool active;
  24         seqRNode() {}
  25         seqRNode(int n, Sequence s, string nm, int l) : numIdentical(n), seq(s), names(nm), active(1), length(l) {}
  26         ~seqRNode() {}
  27 };
  28 /************************************************************/
  29
  30 class ClusterFragmentsCommand : public Command {
  31
  32 public:
  33         ClusterFragmentsCommand(string);
  34         ClusterFragmentsCommand();
  35         ~ClusterFragmentsCommand() {}
  36
  37         vector<string> setParameters();
  38         string getCommandName()                 { return "cluster.fragments";           }
  39         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  40         string getOutputFileNameTag(string, string);
  41         string getHelpString();
  42         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Cluster.fragments"; }
  43         string getDescription()         { return "creates a namesfile with sequences that are a fragment of a larger sequence"; }
  44
  45         int execute();
  46         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  47
  48 private:
  49         bool abort;
  50         string fastafile, namefile, outputDir;
  51         int diffs, percent;
  52         vector<seqRNode> alignSeqs;
  53         map<string, string> names; //represents the names file first column maps to second column
  54         map<string, int> sizes;  //this map a seq name to the number of identical seqs in the names file
  55         map<string, int>::iterator itSize;
  56         vector<string> outputNames;
  57
  58         int readFASTA();
  59         void readNameFile();
  60         void printData(string, string); //fasta filename, names file name
  61         bool isFragment(string, string);
  62
  63 };
  64
  65 /************************************************************/
  66
  67 #endif
  68