clustercommand.h

   1 #ifndef CLUSTERCOMMAND_H
   2 #define CLUSTERCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  clustercommand.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <Carbon/Carbon.h>
  13 #include <iostream>
  14 #include <fstream>
  15 #include "globaldata.hpp"
  16 #include "command.hpp"
  17 #include "rabundvector.hpp"
  18 #include "sabundvector.hpp"
  19 #include "listvector.hpp"
  20 #include "cluster.hpp"
  21 #include "sparsematrix.hpp"
  22
  23 /* The cluster() command:
  24         The cluster command can only be executed after a successful read.phylip or read.column command.
  25         The cluster command outputs a .list , .rabund and .sabund files.
  26         The cluster command parameter options are method, cuttoff and precision. No parameters are required.
  27         The cluster command should be in the following format: cluster(method=yourMethod, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision).
  28         The acceptable methods are furthest, nearest and average.  If you do not provide a method the default algorythm is furthest neighbor.
  29         The cluster() command outputs three files *.list, *.rabund, and *.sabund.   */
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  31
  32 class GlobalData;
  33
  34 class ClusterCommand : public Command {
  35
  36 public:
  37         ClusterCommand();
  38         ~ClusterCommand();
  39         int execute();
  40
  41 private:
  42         GlobalData* globaldata;
  43         Cluster* cluster;
  44         SparseMatrix* matrix;
  45         ListVector* list;
  46         RAbundVector* rabund;
  47         RAbundVector oldRAbund;
  48         ListVector oldList;
  49
  50         string method, fileroot, tag;
  51         double cutoff;
  52         int precision, length;
  53         ofstream sabundFile, rabundFile, listFile;
  54
  55         void printData(string label);
  56 };
  57
  58 #endif