clustercommand.h

   1 #ifndef CLUSTERCOMMAND_H
   2 #define CLUSTERCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  clustercommand.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <iostream>
  13 #include <fstream>
  14 #include "globaldata.hpp"
  15 #include "command.hpp"
  16 #include "rabundvector.hpp"
  17 #include "sabundvector.hpp"
  18 #include "listvector.hpp"
  19 #include "cluster.hpp"
  20 #include "sparsematrix.hpp"
  21
  22 /* The cluster() command:
  23         The cluster command can only be executed after a successful read.phylip or read.column command.
  24         The cluster command outputs a .list , .rabund and .sabund files.
  25         The cluster command parameter options are method, cuttoff and precision. No parameters are required.
  26         The cluster command should be in the following format: cluster(method=yourMethod, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision).
  27         The acceptable methods are furthest, nearest and average.  If you do not provide a method the default algorythm is furthest neighbor.
  28         The cluster() command outputs three files *.list, *.rabund, and *.sabund.   */
  29
  30
  31 class GlobalData;
  32
  33 class ClusterCommand : public Command {
  34
  35 public:
  36         ClusterCommand();
  37         ~ClusterCommand();
  38         int execute();
  39
  40 private:
  41         GlobalData* globaldata;
  42         Cluster* cluster;
  43         SparseMatrix* matrix;
  44         ListVector* list;
  45         RAbundVector* rabund;
  46         RAbundVector oldRAbund;
  47         ListVector oldList;
  48
  49         string method, fileroot, tag;
  50         double cutoff;
  51         int precision, length;
  52         ofstream sabundFile, rabundFile, listFile;
  53
  54         void printData(string label);
  55 };
  56
  57 #endif