clustercommand.h

   1 #ifndef CLUSTERCOMMAND_H
   2 #define CLUSTERCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  clustercommand.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "rabundvector.hpp"
  14 #include "sabundvector.hpp"
  15 #include "listvector.hpp"
  16 #include "cluster.hpp"
  17 #include "sparsematrix.hpp"
  18
  19 /* The cluster() command:
  20         The cluster command outputs a .list , .rabund and .sabund files.
  21         The cluster command parameter options are method, cuttoff and precision. No parameters are required.
  22         The cluster command should be in the following format: cluster(method=yourMethod, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision).
  23         The acceptable methods are furthest, nearest and average.  If you do not provide a method the default algorythm is furthest neighbor.
  24         The cluster() command outputs three files *.list, *.rabund, and *.sabund.   */
  25
  26
  27 class ClusterCommand : public Command {
  28
  29 public:
  30         ClusterCommand(string);
  31         ClusterCommand();
  32         ~ClusterCommand();
  33
  34         vector<string> setParameters();
  35         string getCommandName()                 { return "cluster";             }
  36         string getCommandCategory()             { return "Clustering";  }
  37         string getOutputFileNameTag(string, string);
  38         string getHelpString();
  39         string getCitation() { return "Schloss PD, Westcott SL (2011). Assessing and improving methods used in OTU-based approaches for 16S rRNA gene sequence analysis. Appl Environ Microbiol. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Cluster"; }
  40         string getDescription()         { return "cluster your sequences into OTUs using a distance matrix"; }
  41
  42         int execute();
  43         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  44
  45 private:
  46         Cluster* cluster;
  47         SparseMatrix* matrix;
  48         ListVector* list;
  49         RAbundVector* rabund;
  50         RAbundVector oldRAbund;
  51         ListVector oldList;
  52
  53         bool abort, hard, sim;
  54
  55         string method, fileroot, tag, outputDir, phylipfile, columnfile, namefile, format, distfile;
  56         double cutoff;
  57         string showabund, timing;
  58         int precision, length;
  59         ofstream sabundFile, rabundFile, listFile;
  60
  61         bool print_start;
  62         time_t start;
  63         unsigned long loops;
  64
  65         void printData(string label);
  66         vector<string> outputNames;
  67 };
  68
  69 #endif