clustercommand.h

   1 #ifndef CLUSTERCOMMAND_H
   2 #define CLUSTERCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  clustercommand.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "globaldata.hpp"
  14 #include "rabundvector.hpp"
  15 #include "sabundvector.hpp"
  16 #include "listvector.hpp"
  17 #include "cluster.hpp"
  18 #include "sparsematrix.hpp"
  19
  20 /* The cluster() command:
  21         The cluster command can only be executed after a successful read.phylip or read.column command.
  22         The cluster command outputs a .list , .rabund and .sabund files.
  23         The cluster command parameter options are method, cuttoff and precision. No parameters are required.
  24         The cluster command should be in the following format: cluster(method=yourMethod, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision).
  25         The acceptable methods are furthest, nearest and average.  If you do not provide a method the default algorythm is furthest neighbor.
  26         The cluster() command outputs three files *.list, *.rabund, and *.sabund.   */
  27
  28
  29 class GlobalData;
  30
  31 class ClusterCommand : public Command {
  32
  33 public:
  34         ClusterCommand(string);
  35         ~ClusterCommand();
  36         int execute();
  37         void help();
  38
  39 private:
  40         GlobalData* globaldata;
  41         Cluster* cluster;
  42         SparseMatrix* matrix;
  43         ListVector* list;
  44         RAbundVector* rabund;
  45         RAbundVector oldRAbund;
  46         ListVector oldList;
  47         OptionParser* parser;
  48         map<string, string> parameters;
  49         map<string, string>::iterator it;
  50         bool abort;
  51
  52         string method, fileroot, tag;
  53         double cutoff;
  54         int precision, length;
  55         ofstream sabundFile, rabundFile, listFile;
  56
  57         void printData(string label);
  58 };
  59
  60 #endif