clusterclassic.h

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "mothurout.h"
   7 #include "listvector.hpp"
   8 #include "rabundvector.hpp"
   9 #include "nameassignment.hpp"
  10
  11 /*
  12  *  clusterclassic.h
  13  *  Mothur
  14  *
  15  *  Created by westcott on 10/29/10.
  16  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  17  *
  18  */
  19
  20
  21 class ClusterClassic {
  22
  23 public:
  24         ClusterClassic(float, string, bool);
  25         int readPhylipFile(string, NameAssignment*);
  26         void update(double&);
  27         double getSmallDist() { return smallDist; }
  28         int getNSeqs() { return nseqs; }
  29         ListVector* getListVector() { return list; }
  30         RAbundVector* getRAbundVector() { return rabund; }
  31         string getTag();
  32         void setMapWanted(bool m);
  33         map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  34
  35 private:
  36         double getSmallCell();
  37         void clusterBins();
  38         void clusterNames();
  39         void updateMap();
  40         void print();
  41
  42         struct colDist {
  43                 int col;
  44                 int row;
  45                 double dist;
  46                 colDist(int r, int c, double d) : row(r), col(c), dist(d) {}
  47         };
  48
  49         RAbundVector* rabund;
  50         ListVector* list;
  51         vector< vector<double> > dMatrix;
  52         //vector<colDist> rowSmallDists;
  53
  54         int smallRow;
  55         int smallCol, nseqs;
  56         double smallDist;
  57         bool mapWanted, sim;
  58         double cutoff, aboveCutoff;
  59         map<string, int> seq2Bin;
  60         string method;
  61
  62         MothurOut* m;
  63 };
  64
  65 #endif
  66
  67