clusterclassic.h

   1 #ifndef CLUSTERCLASSIC_H
   2 #define CLUSTERCLASSIC_H
   3
   4
   5 #include "mothurout.h"
   6 #include "listvector.hpp"
   7 #include "rabundvector.hpp"
   8 #include "nameassignment.hpp"
   9
  10 /*
  11  *  clusterclassic.h
  12  *  Mothur
  13  *
  14  *  Created by westcott on 10/29/10.
  15  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  16  *
  17  */
  18
  19
  20 class ClusterClassic {
  21
  22 public:
  23         ClusterClassic(float, string, bool);
  24         int readPhylipFile(string, NameAssignment*);
  25         void update(double&);
  26         double getSmallDist() { return smallDist; }
  27         int getNSeqs() { return nseqs; }
  28         ListVector* getListVector() { return list; }
  29         RAbundVector* getRAbundVector() { return rabund; }
  30         string getTag() { return tag; }
  31         void setMapWanted(bool m);
  32         map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  33
  34 private:
  35         double getSmallCell();
  36         void clusterBins();
  37         void clusterNames();
  38         void updateMap();
  39         void print();
  40
  41         struct colDist {
  42                 int col;
  43                 int row;
  44                 double dist;
  45                 colDist(int r, int c, double d) : row(r), col(c), dist(d) {}
  46         };
  47
  48         RAbundVector* rabund;
  49         ListVector* list;
  50         vector< vector<double> > dMatrix;
  51         //vector<colDist> rowSmallDists;
  52
  53         int smallRow;
  54         int smallCol, nseqs;
  55         double smallDist;
  56         bool mapWanted, sim;
  57         double cutoff, aboveCutoff;
  58         map<string, int> seq2Bin;
  59         string method, tag;
  60
  61         MothurOut* m;
  62 };
  63
  64 #endif
  65
  66