cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "sparsematrix.hpp"
   7
   8 class RAbundVector;
   9 class ListVector;
  10
  11 typedef vector<MatData> MatVec;
  12
  13 class Cluster {
  14
  15 public:
  16         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  17     virtual void update();
  18         virtual string getTag() = 0;
  19         virtual void setMapWanted(bool m);
  20         virtual map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  21
  22 protected:
  23         void getRowColCells();
  24     void removeCell(const MatData& cell, int vrow, int vcol, bool rmMatrix=true);
  25
  26         virtual bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell) = 0;
  27
  28         virtual void clusterBins();
  29         virtual void clusterNames();
  30         virtual void updateMap();
  31
  32         RAbundVector* rabund;
  33         ListVector* list;
  34         SparseMatrix* dMatrix;
  35
  36         int smallRow;
  37         int smallCol;
  38         float smallDist;
  39         bool mapWanted;
  40         map<string, int> seq2Bin;
  41
  42         vector<MatVec> seqVec;          // contains vectors of cells related to a certain sequence
  43         MatVec rowCells;
  44         MatVec colCells;
  45         ull nRowCells;
  46         ull nColCells;
  47 };
  48
  49 /***********************************************************************/
  50
  51 class CompleteLinkage : public Cluster {
  52 public:
  53         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  54         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  55         string getTag();
  56
  57 private:
  58
  59 };
  60
  61 /***********************************************************************/
  62
  63 class SingleLinkage : public Cluster {
  64 public:
  65         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  66     void update();
  67         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  68         string getTag();
  69
  70 private:
  71
  72 };
  73
  74 /***********************************************************************/
  75
  76 class AverageLinkage : public Cluster {
  77 public:
  78         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  79         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  80         string getTag();
  81
  82 private:
  83         int saveRow;
  84         int saveCol;
  85         int rowBin;
  86         int colBin;
  87         int totalBin;
  88
  89 };
  90
  91 /***********************************************************************/
  92
  93 #endif