cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4 using namespace std;
   5
   6 #include "mothur.h"
   7 #include "sparsematrix.hpp"
   8
   9 class RAbundVector;
  10 class ListVector;
  11 class SparseMatrix;
  12
  13 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  14
  15 class Cluster {
  16
  17 public:
  18         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  19         virtual void update() = 0;
  20
  21 protected:
  22         void getRowColCells();
  23         virtual void clusterBins();
  24         virtual void clusterNames();
  25
  26         RAbundVector* rabund;
  27         ListVector* list;
  28         SparseMatrix* dMatrix;
  29
  30         int smallRow;
  31         int smallCol;
  32         float smallDist;
  33         vector<MatData> rowCells;
  34         vector<MatData> colCells;
  35         ull nRowCells;
  36         ull nColCells;
  37 };
  38
  39 /***********************************************************************/
  40
  41 class CompleteLinkage : public Cluster {
  42 public:
  43         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  44         void update();
  45
  46 private:
  47
  48 };
  49
  50 /***********************************************************************/
  51
  52 class SingleLinkage : public Cluster {
  53 public:
  54         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  55         void update();
  56
  57 private:
  58
  59 };
  60
  61 /***********************************************************************/
  62
  63 class AverageLinkage : public Cluster {
  64 public:
  65         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  66         void update();
  67
  68 private:
  69
  70 };
  71
  72 /***********************************************************************/
  73
  74 #endif