cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4 using namespace std;
   5
   6 #include "mothur.h"
   7 #include "utilities.hpp"
   8 #include "sparsematrix.hpp"
   9 #include "rabundvector.hpp"
  10
  11 class RAbundVector;
  12 class ListVector;
  13 class SparseMatrix;
  14
  15 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  16
  17 class Cluster {
  18
  19 public:
  20         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  21         virtual void update() = 0;
  22
  23 protected:
  24         void getRowColCells();
  25         virtual void clusterBins();
  26         virtual void clusterNames();
  27
  28         RAbundVector* rabund;
  29         ListVector* list;
  30         SparseMatrix* dMatrix;
  31
  32         int smallRow;
  33         int smallCol;
  34         float smallDist;
  35         vector<MatData> rowCells;
  36         vector<MatData> colCells;
  37         ull nRowCells;
  38         ull nColCells;
  39 };
  40
  41 /***********************************************************************/
  42
  43 class CompleteLinkage : public Cluster {
  44 public:
  45         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  46         void update();
  47
  48 private:
  49
  50 };
  51
  52 /***********************************************************************/
  53
  54 class SingleLinkage : public Cluster {
  55 public:
  56         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  57         void update();
  58
  59 private:
  60
  61 };
  62
  63 /***********************************************************************/
  64
  65 class AverageLinkage : public Cluster {
  66 public:
  67         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  68         void update();
  69
  70 private:
  71
  72 };
  73
  74 /***********************************************************************/
  75
  76 #endif