cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "sparsematrix.hpp"
   7
   8 class RAbundVector;
   9 class ListVector;
  10
  11 typedef vector<MatData> MatVec;
  12
  13 class Cluster {
  14
  15 public:
  16         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float);
  17     virtual void update();
  18         virtual string getTag() = 0;
  19         virtual void setMapWanted(bool m);
  20         virtual map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  21
  22 protected:
  23         void getRowColCells();
  24     void removeCell(const MatData& cell, int vrow, int vcol, bool rmMatrix=true);
  25
  26         virtual bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell) = 0;
  27
  28         virtual void clusterBins();
  29         virtual void clusterNames();
  30         virtual void updateMap();
  31
  32         RAbundVector* rabund;
  33         ListVector* list;
  34         SparseMatrix* dMatrix;
  35
  36         int smallRow;
  37         int smallCol;
  38         float smallDist;
  39         bool mapWanted;
  40         float cutoff;
  41         map<string, int> seq2Bin;
  42
  43         vector<MatVec> seqVec;          // contains vectors of cells related to a certain sequence
  44         MatVec rowCells;
  45         MatVec colCells;
  46         ull nRowCells;
  47         ull nColCells;
  48 };
  49
  50 /***********************************************************************/
  51
  52 class CompleteLinkage : public Cluster {
  53 public:
  54         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float);
  55         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  56         string getTag();
  57
  58 private:
  59
  60 };
  61
  62 /***********************************************************************/
  63
  64 class SingleLinkage : public Cluster {
  65 public:
  66         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float);
  67     void update();
  68         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  69         string getTag();
  70
  71 private:
  72
  73 };
  74
  75 /***********************************************************************/
  76
  77 class AverageLinkage : public Cluster {
  78 public:
  79         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float);
  80         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  81         string getTag();
  82
  83 private:
  84         int saveRow;
  85         int saveCol;
  86         int rowBin;
  87         int colBin;
  88         int totalBin;
  89
  90 };
  91
  92 /***********************************************************************/
  93
  94 #endif