cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "sparsematrix.hpp"
   7
   8 class RAbundVector;
   9 class ListVector;
  10 class SparseMatrix;
  11
  12 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  13
  14 class Cluster {
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  16 public:
  17         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  18         virtual void update() = 0;
  19
  20 protected:
  21         void getRowColCells();
  22         virtual void clusterBins();
  23         virtual void clusterNames();
  24
  25         RAbundVector* rabund;
  26         ListVector* list;
  27         SparseMatrix* dMatrix;
  28
  29         int smallRow;
  30         int smallCol;
  31         float smallDist;
  32         vector<MatData> rowCells;
  33         vector<MatData> colCells;
  34         ull nRowCells;
  35         ull nColCells;
  36 };
  37
  38 /***********************************************************************/
  39
  40 class CompleteLinkage : public Cluster {
  41 public:
  42         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  43         void update();
  44
  45 private:
  46
  47 };
  48
  49 /***********************************************************************/
  50
  51 class SingleLinkage : public Cluster {
  52 public:
  53         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  54         void update();
  55
  56 private:
  57
  58 };
  59
  60 /***********************************************************************/
  61
  62 class AverageLinkage : public Cluster {
  63 public:
  64         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  65         void update();
  66
  67 private:
  68
  69 };
  70
  71 /***********************************************************************/
  72
  73 #endif