cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "sparsematrix.hpp"
   7
   8 class RAbundVector;
   9 class ListVector;
  10
  11 typedef vector<MatData> MatVec;
  12
  13 class Cluster {
  14
  15 public:
  16         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float, string);
  17     virtual void update(double&);
  18         virtual string getTag() = 0;
  19         virtual void setMapWanted(bool m);
  20         virtual map<string, int> getSeqtoBin()  {  return seq2Bin;      }
  21
  22 protected:
  23         void getRowColCells();
  24     void removeCell(const MatData& cell, int vrow, int vcol, bool rmMatrix=true);
  25
  26         virtual bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell) = 0;
  27
  28         virtual void clusterBins();
  29         virtual void clusterNames();
  30         virtual void updateMap();
  31
  32         RAbundVector* rabund;
  33         ListVector* list;
  34         SparseMatrix* dMatrix;
  35
  36         int smallRow;
  37         int smallCol;
  38         float smallDist;
  39         bool mapWanted;
  40         float cutoff;
  41         map<string, int> seq2Bin;
  42         string method;
  43
  44         vector<MatVec> seqVec;          // contains vectors of cells related to a certain sequence
  45         MatVec rowCells;
  46         MatVec colCells;
  47         ull nRowCells;
  48         ull nColCells;
  49 };
  50
  51 /***********************************************************************/
  52
  53 class CompleteLinkage : public Cluster {
  54 public:
  55         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float, string);
  56         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  57         string getTag();
  58
  59 private:
  60
  61 };
  62
  63 /***********************************************************************/
  64
  65 class SingleLinkage : public Cluster {
  66 public:
  67         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float, string);
  68     void update();
  69         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  70         string getTag();
  71
  72 private:
  73
  74 };
  75
  76 /***********************************************************************/
  77
  78 class AverageLinkage : public Cluster {
  79 public:
  80         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*, float, string);
  81         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  82         string getTag();
  83
  84 private:
  85         int saveRow;
  86         int saveCol;
  87         int rowBin;
  88         int colBin;
  89         int totalBin;
  90
  91 };
  92
  93 /***********************************************************************/
  94
  95 #endif