cluster.hpp

   1 #ifndef CLUSTER_H
   2 #define CLUSTER_H
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "sparsematrix.hpp"
   7
   8 class RAbundVector;
   9 class ListVector;
  10
  11 typedef vector<MatData> MatVec;
  12
  13 class Cluster {
  14
  15 public:
  16         Cluster(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  17     virtual void update();
  18         virtual string getTag() = 0;
  19
  20 protected:
  21         void getRowColCells();
  22     void removeCell(const MatData& cell, int vrow, int vcol, bool rmMatrix=true);
  23
  24         virtual bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell) = 0;
  25
  26         virtual void clusterBins();
  27         virtual void clusterNames();
  28
  29         RAbundVector* rabund;
  30         ListVector* list;
  31         SparseMatrix* dMatrix;
  32
  33         int smallRow;
  34         int smallCol;
  35         float smallDist;
  36
  37         vector<MatVec> seqVec;          // contains vectors of cells related to a certain sequence\r
  38         MatVec rowCells;
  39         MatVec colCells;
  40         ull nRowCells;
  41         ull nColCells;
  42 };
  43
  44 /***********************************************************************/
  45
  46 class CompleteLinkage : public Cluster {
  47 public:
  48         CompleteLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  49         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  50         string getTag();
  51
  52 private:
  53
  54 };
  55
  56 /***********************************************************************/
  57
  58 class SingleLinkage : public Cluster {
  59 public:
  60         SingleLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  61     void update();
  62         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  63         string getTag();
  64
  65 private:
  66
  67 };
  68
  69 /***********************************************************************/
  70
  71 class AverageLinkage : public Cluster {
  72 public:
  73         AverageLinkage(RAbundVector*, ListVector*, SparseMatrix*);
  74         bool updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell);
  75         string getTag();
  76
  77 private:
  78         int saveRow;
  79         int saveCol;
  80         int rowBin;
  81         int colBin;
  82         int totalBin;
  83
  84 };
  85
  86 /***********************************************************************/
  87
  88 #endif