classifytreecommand.h

   1 #ifndef Mothur_classifytreecommand_h
   2 #define Mothur_classifytreecommand_h
   3
   4 //
   5 //  classifytreecommand.h
   6 //  Mothur
   7 //
   8 //  Created by Sarah Westcott on 2/20/12.
   9 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  10 //
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "readtree.h"
  14 #include "treemap.h"
  15 #include "counttable.h"
  16
  17 class ClassifyTreeCommand : public Command {
  18 public:
  19         ClassifyTreeCommand(string);
  20         ClassifyTreeCommand();
  21         ~ClassifyTreeCommand(){}
  22
  23         vector<string> setParameters();
  24         string getCommandName()                 { return "classify.tree";                               }
  25         string getCommandCategory()             { return "Phylotype Analysis";          }
  26         string getOutputFileNameTag(string, string);
  27         string getHelpString();
  28         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Classify.tree"; }
  29         string getDescription()         { return "Find the consensus taxonomy for the descendant of each tree node"; }
  30
  31         int execute();
  32         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  33
  34 private:
  35         string treefile, taxonomyfile, groupfile, namefile, countfile, outputDir;
  36         bool abort;
  37         vector<string> outputNames;
  38     int numUniquesInName, cutoff;
  39     map<string, string> nameMap;
  40     map<string, int> nameCount;
  41     map<string, string> taxMap;
  42     CountTable* ct;
  43
  44         int getClassifications(Tree*&);
  45         map<string, set<string> > getDescendantList(Tree*&, int, map<int, map<string, set<string> > >);
  46     string getTaxonomy(set<string>, int&);
  47
  48 };
  49
  50
  51
  52 #endif