classifyseqscommand.h

   1 #ifndef CLASSIFYSEQSCOMMAND_H
   2 #define CLASSIFYSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  classifyseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/2/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "classify.h"
  16
  17 //KNN and Bayesian methods modeled from algorithms in
  18 //Naı¨ve Bayesian Classiﬁer for Rapid Assignment of rRNA Sequences
  19 //into the New Bacterial Taxonomy􏰎†
  20 //Qiong Wang,1 George M. Garrity,1,2 James M. Tiedje,1,2 and James R. Cole1*
  21 //Center for Microbial Ecology1 and Department of Microbiology and Molecular Genetics,2 Michigan State University,
  22 //East Lansing, Michigan 48824
  23 //Received 10 January 2007/Accepted 18 June 2007
  24
  25
  26
  27 class ClassifySeqsCommand : public Command {
  28
  29 public:
  30         ClassifySeqsCommand(string);
  31         ClassifySeqsCommand();
  32         ~ClassifySeqsCommand();
  33
  34         vector<string> setParameters();
  35         string getCommandName()                 { return "classify.seqs";               }
  36         string getCommandCategory()             { return "Phylotype Analysis";  }
  37         string getHelpString();
  38
  39         int execute();
  40         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  41
  42
  43
  44 private:
  45         struct linePair {
  46                 unsigned long int start;
  47                 unsigned long int end;
  48                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  49         };
  50
  51         vector<int> processIDS;   //processid
  52         vector<linePair*> lines;
  53         vector<string> fastaFileNames;
  54         vector<string> namefileNames;
  55         vector<string> groupfileNames;
  56         vector<string> outputNames;
  57         map<string, vector<string> > nameMap;
  58         map<string,  vector<string> >::iterator itNames;
  59
  60         Classify* classify;
  61
  62         string fastaFileName, templateFileName, distanceFileName, namefile, search, method, taxonomyFileName, outputDir, groupfile;
  63         int processors, kmerSize, numWanted, cutoff, iters;
  64         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend;
  65         bool abort, probs;
  66
  67         int driver(linePair*, string, string, string);
  68         void appendTaxFiles(string, string);
  69         int createProcesses(string, string, string);
  70         string addUnclassifieds(string, int);
  71
  72         int MPIReadNamesFile(string);
  73         #ifdef USE_MPI
  74         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  75         #endif
  76 };
  77
  78 #endif
  79