classifyseqscommand.h

   1 #ifndef CLASSIFYSEQSCOMMAND_H
   2 #define CLASSIFYSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  classifyseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/2/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "classify.h"
  16
  17 //KNN and Bayesian methods modeled from algorithms in
  18 //Naı¨ve Bayesian Classiﬁer for Rapid Assignment of rRNA Sequences
  19 //into the New Bacterial Taxonomy􏰎†
  20 //Qiong Wang,1 George M. Garrity,1,2 James M. Tiedje,1,2 and James R. Cole1*
  21 //Center for Microbial Ecology1 and Department of Microbiology and Molecular Genetics,2 Michigan State University,
  22 //East Lansing, Michigan 48824
  23 //Received 10 January 2007/Accepted 18 June 2007
  24
  25
  26
  27 class ClassifySeqsCommand : public Command {
  28
  29 public:
  30         ClassifySeqsCommand(string);
  31         ClassifySeqsCommand();
  32         ~ClassifySeqsCommand();
  33
  34         vector<string> setParameters();
  35         string getCommandName()                 { return "classify.seqs";               }
  36         string getCommandCategory()             { return "Phylotype Analysis";  }
  37         string getHelpString();
  38         string getCitation() { return "Wang Q, Garrity GM, Tiedje JM, Cole JR (2007). Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy. Appl Environ Microbiol 73: 5261-7. [ for Bayesian classifier ] \nAltschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25: 3389-402. [ for BLAST ] \nDeSantis TZ, Hugenholtz P, Larsen N, Rojas M, Brodie EL, Keller K, Huber T, Dalevi D, Hu P, Andersen GL (2006). Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB. Appl Environ Microbiol 72: 5069-72. [ for kmer ] \nhttp://www.mothur.org/wiki/Classify.seqs"; }
  39
  40
  41         int execute();
  42         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  43
  44
  45
  46 private:
  47         struct linePair {
  48                 unsigned long int start;
  49                 unsigned long int end;
  50                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  51         };
  52
  53         vector<int> processIDS;   //processid
  54         vector<linePair*> lines;
  55         vector<string> fastaFileNames;
  56         vector<string> namefileNames;
  57         vector<string> groupfileNames;
  58         vector<string> outputNames;
  59         map<string, vector<string> > nameMap;
  60         map<string,  vector<string> >::iterator itNames;
  61
  62         Classify* classify;
  63
  64         string fastaFileName, templateFileName, distanceFileName, namefile, search, method, taxonomyFileName, outputDir, groupfile;
  65         int processors, kmerSize, numWanted, cutoff, iters;
  66         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend;
  67         bool abort, probs;
  68
  69         int driver(linePair*, string, string, string);
  70         void appendTaxFiles(string, string);
  71         int createProcesses(string, string, string);
  72         string addUnclassifieds(string, int);
  73
  74         int MPIReadNamesFile(string);
  75         #ifdef USE_MPI
  76         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  77         #endif
  78 };
  79
  80 #endif
  81