classifyseqscommand.h

   1 #ifndef CLASSIFYSEQSCOMMAND_H
   2 #define CLASSIFYSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  classifyseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/2/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "alignment.hpp"
  16 #include "classify.h"
  17
  18 class ClassifySeqsCommand : public Command {
  19
  20 public:
  21         ClassifySeqsCommand(string);
  22         ~ClassifySeqsCommand();
  23         int execute();
  24         void help();
  25
  26 private:
  27         struct linePair {
  28                 int start;
  29                 int numSeqs;
  30                 linePair(int i, int j) : start(i), numSeqs(j) {}
  31         };
  32         vector<int> processIDS;   //processid
  33         vector<linePair*> lines;
  34
  35         Classify* classify;
  36
  37         string fastaFileName, templateFileName, distanceFileName, search, method, taxonomyFileName;
  38         int processors, kmerSize, numWanted, cutoff;
  39         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend;
  40         bool abort;
  41
  42         int driver(linePair*, string, string);
  43         void appendTaxFiles(string, string);
  44         void createProcesses(string, string);
  45 };
  46
  47 #endif
  48