classifyseqscommand.h

   1 #ifndef CLASSIFYSEQSCOMMAND_H
   2 #define CLASSIFYSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  classifyseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/2/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "classify.h"
  16 #include "referencedb.h"
  17
  18 //KNN and Bayesian methods modeled from algorithms in
  19 //Naı¨ve Bayesian Classiﬁer for Rapid Assignment of rRNA Sequences
  20 //into the New Bacterial Taxonomy􏰎†
  21 //Qiong Wang,1 George M. Garrity,1,2 James M. Tiedje,1,2 and James R. Cole1*
  22 //Center for Microbial Ecology1 and Department of Microbiology and Molecular Genetics,2 Michigan State University,
  23 //East Lansing, Michigan 48824
  24 //Received 10 January 2007/Accepted 18 June 2007
  25
  26
  27
  28 class ClassifySeqsCommand : public Command {
  29
  30 public:
  31         ClassifySeqsCommand(string);
  32         ClassifySeqsCommand();
  33         ~ClassifySeqsCommand();
  34
  35         vector<string> setParameters();
  36         string getCommandName()                 { return "classify.seqs";               }
  37         string getCommandCategory()             { return "Phylotype Analysis";  }
  38         string getHelpString();
  39         string getCitation() { return "Wang Q, Garrity GM, Tiedje JM, Cole JR (2007). Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy. Appl Environ Microbiol 73: 5261-7. [ for Bayesian classifier ] \nAltschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25: 3389-402. [ for BLAST ] \nDeSantis TZ, Hugenholtz P, Larsen N, Rojas M, Brodie EL, Keller K, Huber T, Dalevi D, Hu P, Andersen GL (2006). Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB. Appl Environ Microbiol 72: 5069-72. [ for kmer ] \nhttp://www.mothur.org/wiki/Classify.seqs"; }
  40         string getDescription()         { return "classify sequences"; }
  41
  42         int execute();
  43         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  44
  45
  46
  47 private:
  48         struct linePair {
  49                 unsigned long int start;
  50                 unsigned long int end;
  51                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  52         };
  53
  54         vector<int> processIDS;   //processid
  55         vector<linePair*> lines;
  56         vector<string> fastaFileNames;
  57         vector<string> namefileNames;
  58         vector<string> groupfileNames;
  59         vector<string> outputNames;
  60         map<string, vector<string> > nameMap;
  61         map<string,  vector<string> >::iterator itNames;
  62
  63         Classify* classify;
  64         ReferenceDB* rdb;
  65
  66         string fastaFileName, templateFileName, distanceFileName, namefile, search, method, taxonomyFileName, outputDir, groupfile;
  67         int processors, kmerSize, numWanted, cutoff, iters;
  68         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend;
  69         bool abort, probs, save;
  70
  71         int driver(linePair*, string, string, string);
  72         void appendTaxFiles(string, string);
  73         int createProcesses(string, string, string);
  74         string addUnclassifieds(string, int);
  75
  76         int MPIReadNamesFile(string);
  77         #ifdef USE_MPI
  78         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  79         #endif
  80 };
  81
  82 #endif
  83