classifyotucommand.h

   1 #ifndef CLASSIFYOTUSCOMMAND_H
   2 #define CLASSIFYOTUSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  classifyotucommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 6/1/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "listvector.hpp"
  15 #include "inputdata.h"
  16 #include "counttable.h"
  17
  18
  19 class ClassifyOtuCommand : public Command {
  20
  21 public:
  22         ClassifyOtuCommand(string);
  23         ClassifyOtuCommand();
  24         ~ClassifyOtuCommand() {}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "classify.otu";                }
  28         string getCommandCategory()             { return "Phylotype Analysis";  }
  29
  30         string getHelpString();
  31     string getOutputPattern(string);
  32         string getCitation() { return "Schloss PD, Westcott SL (2011). Assessing and improving methods used in OTU-based approaches for 16S rRNA gene sequence analysis. Appl Environ Microbiol 77:3219.\nhttp://www.mothur.org/wiki/Classify.otu"; }
  33         string getDescription()         { return "find the concensus taxonomy for each OTU"; }
  34
  35         int execute();
  36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37
  38 private:
  39     GroupMap* groupMap;
  40     CountTable* ct;
  41         ListVector* list;
  42         InputData* input;
  43         string listfile, namefile, taxfile, label, outputDir, refTaxonomy, groupfile, basis, countfile;
  44         bool abort, allLines, probs, persample;
  45         int cutoff;
  46         set<string> labels; //holds labels to be used
  47         vector<string> outputNames, groups;
  48         map<string, string> nameMap;
  49         map<string, string> taxMap;
  50
  51         int process(ListVector*);
  52         string addUnclassifieds(string, int);
  53         vector<string> findConsensusTaxonomy(vector<string>, int&, string&);    // returns the name of the "representative" taxonomy of given bin
  54
  55
  56 };
  57
  58 #endif
  59
  60