classify.h

   1 #ifndef CLASSIFY_H
   2 #define CLASSIFY_H
   3
   4 /*
   5  *  classify.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 /* This class is a parent to phylotyp, bayesian, knn.  */
  15
  16 #include "mothur.h"
  17 #include "database.hpp"
  18 #include "doTaxonomy.h"
  19
  20
  21 class Sequence;
  22
  23
  24 /**************************************************************************************************/
  25
  26 class Classify {
  27
  28 public:
  29         Classify(string, string, string, int, int, int, int, int);
  30         Classify(){     delete phyloTree;  }
  31
  32         virtual ~Classify(){};
  33         virtual string getTaxonomy(Sequence*) = 0;
  34         //virtual map<string, int> getConfidenceScores() { return taxConfidenceScore; }
  35         //virtual vector<string> parseTax(string);
  36         virtual string getSimpleTax()  { return simpleTax;      }
  37
  38 protected:
  39
  40         map<string, string> taxonomy;  //name maps to taxonomy
  41         //map<string, int> genusCount;  //maps genus to count - in essence a list of how many seqs are in each taxonomy
  42         map<string, int>::iterator itTax;
  43         map<string, string>::iterator it;
  44         Database* database;
  45         PhyloTree* phyloTree;
  46
  47         string taxFile, templateFile, simpleTax;
  48         vector<string> names;
  49         //map<string, int> taxConfidenceScore;
  50
  51         void readTaxonomy(string);
  52         vector<string> parseTax(string);
  53 };
  54
  55 /**************************************************************************************************/
  56
  57 #endif
  58