classify.h

   1 #ifndef CLASSIFY_H
   2 #define CLASSIFY_H
   3
   4 /*
   5  *  classify.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 /* This class is a parent to bayesian, knn.  */
  15
  16 #include "mothur.h"
  17 #include "database.hpp"
  18 #include "phylotree.h"
  19
  20
  21 class Sequence;
  22
  23
  24 /**************************************************************************************************/
  25
  26 class Classify {
  27
  28 public:
  29         Classify();
  30
  31         virtual ~Classify(){  delete phyloTree; if (database != NULL) {  delete database; } };
  32         virtual string getTaxonomy(Sequence*) = 0;
  33         //virtual map<string, int> getConfidenceScores() { return taxConfidenceScore; }
  34         //virtual vector<string> parseTax(string);
  35         virtual string getSimpleTax()  { return simpleTax;      }
  36         virtual void generateDatabaseAndNames(string, string, string, int, float, float, float, float);
  37
  38 protected:
  39
  40         map<string, string> taxonomy;  //name maps to taxonomy
  41         //map<string, int> genusCount;  //maps genus to count - in essence a list of how many seqs are in each taxonomy
  42         map<string, int>::iterator itTax;
  43         map<string, string>::iterator it;
  44         Database* database;
  45         PhyloTree* phyloTree;
  46
  47         string taxFile, templateFile, simpleTax;
  48         vector<string> names;
  49
  50         int readTaxonomy(string);
  51         vector<string> parseTax(string);
  52         MothurOut* m;
  53
  54 };
  55
  56 /**************************************************************************************************/
  57
  58 #endif
  59