chimerapintailcommand.h

   1 #ifndef CHIMERAPINTAILCOMMAND_H
   2 #define CHIMERAPINTAILCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  chimerapintailcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 4/1/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "chimera.h"
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  17
  18 /***********************************************************/
  19
  20 class ChimeraPintailCommand : public Command {
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  22 public:
  23
  24         ChimeraPintailCommand(string);
  25         ChimeraPintailCommand();
  26         ~ChimeraPintailCommand(){}
  27
  28         vector<string> setParameters();
  29         string getCommandName()                 { return "chimera.pintail";             }
  30         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  31         string getHelpString();
  32         string getCitation() { return "Ashelford KE, Chuzhanova NA, Fry JC, Jones AJ, Weightman AJ (2005). At least 1 in 20 16S rRNA sequence records currently held in public repositories is estimated to contain substantial anomalies. Appl Environ Microbiol 71: 7724-36. \nAshelford KE, Chuzhanova NA, Fry JC, Jones AJ, Weightman AJ (2006). New screening software shows that most recent large 16S rRNA gene clone libraries contain chimeras. Appl Environ Microbiol 72: 5734-41. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Chimera.pintail"; }
  33
  34         int execute();
  35         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  36 private:
  37
  38         struct linePair {
  39                 unsigned long int start;
  40                 unsigned long int end;
  41                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  42         };
  43
  44         vector<int> processIDS;   //processid
  45         vector<linePair*> lines;
  46
  47         int driver(linePair*, string, string, string);
  48         int createProcesses(string, string, string);
  49
  50         #ifdef USE_MPI
  51         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  52         #endif
  53
  54         bool abort, filter;
  55         string fastafile, templatefile, consfile, quanfile, maskfile, outputDir, inputDir;
  56         int processors, window, increment, numSeqs, templateSeqsLength;
  57         Chimera* chimera;
  58         vector<string> outputNames;
  59         vector<string> fastaFileNames;
  60 };
  61
  62 /***********************************************************/
  63
  64 #endif
  65
  66