chimerapintailcommand.h

   1 #ifndef CHIMERAPINTAILCOMMAND_H
   2 #define CHIMERAPINTAILCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  chimerapintailcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 4/1/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "chimera.h"
  16 #include "referencedb.h"
  17
  18 /***********************************************************/
  19
  20 class ChimeraPintailCommand : public Command {
  21
  22 public:
  23
  24         ChimeraPintailCommand(string);
  25         ChimeraPintailCommand();
  26         ~ChimeraPintailCommand(){}
  27
  28         vector<string> setParameters();
  29         string getCommandName()                 { return "chimera.pintail";             }
  30         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  31         string getHelpString();
  32         string getCitation() { return "Ashelford KE, Chuzhanova NA, Fry JC, Jones AJ, Weightman AJ (2005). At least 1 in 20 16S rRNA sequence records currently held in public repositories is estimated to contain substantial anomalies. Appl Environ Microbiol 71: 7724-36. \nAshelford KE, Chuzhanova NA, Fry JC, Jones AJ, Weightman AJ (2006). New screening software shows that most recent large 16S rRNA gene clone libraries contain chimeras. Appl Environ Microbiol 72: 5734-41. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Chimera.pintail"; }
  33         string getDescription()         { return "detect chimeric sequences"; }
  34
  35         int execute();
  36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37 private:
  38         ReferenceDB* rdb;
  39
  40         struct linePair {
  41                 unsigned long int start;
  42                 unsigned long int end;
  43                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  44         };
  45
  46         vector<int> processIDS;   //processid
  47         vector<linePair*> lines;
  48
  49         int driver(linePair*, string, string, string);
  50         int createProcesses(string, string, string);
  51
  52         #ifdef USE_MPI
  53         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  54         #endif
  55
  56         bool abort, filter, save;
  57         string fastafile, templatefile, consfile, quanfile, maskfile, outputDir, inputDir;
  58         int processors, window, increment, numSeqs, templateSeqsLength;
  59         Chimera* chimera;
  60         vector<string> outputNames;
  61         vector<string> fastaFileNames;
  62 };
  63
  64 /***********************************************************/
  65
  66 #endif
  67
  68