chimeraccodecommand.h

   1 #ifndef CHIMERACCODECOMMAND_H
   2 #define CHIMERACCODECOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  chimeraccodecommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 3/30/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "chimera.h"
  16
  17
  18 /***********************************************************/
  19
  20 class ChimeraCcodeCommand : public Command {
  21 public:
  22         ChimeraCcodeCommand(string);
  23         ChimeraCcodeCommand();
  24         ~ChimeraCcodeCommand(){}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "chimera.ccode";               }
  28         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  29         string getOutputFileNameTag(string, string);
  30         string getHelpString();
  31         string getCitation() { return "Gonzalez JM, Zimmermann J, Saiz-Jimenez C (2005). Evaluating putative chimeric sequences from PCR-amplified products. Bioinformatics 21: 333-7. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Chimera.ccode"; }
  32         string getDescription()         { return "detect chimeric sequences"; }
  33
  34         int execute();
  35         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  36
  37
  38 private:
  39         struct linePair {
  40                 unsigned long long start;
  41                 unsigned long long end;
  42                 linePair(unsigned long long i, unsigned long long j) : start(i), end(j) {}
  43         };
  44         vector<int> processIDS;   //processid
  45         vector<linePair*> lines;
  46
  47         int driver(linePair*, string, string, string);
  48         int createProcesses(string, string, string);
  49
  50         #ifdef USE_MPI
  51         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long long>&);
  52         #endif
  53
  54         bool abort, filter, save;
  55         string fastafile, templatefile, outputDir, maskfile;
  56         int processors, window, numwanted, numSeqs, templateSeqsLength;
  57         Chimera* chimera;
  58         vector<string> fastaFileNames;
  59         vector<string> outputNames;
  60 };
  61
  62 /***********************************************************/
  63
  64 #endif
  65