chimeraccodecommand.h

   1 #ifndef CHIMERACCODECOMMAND_H
   2 #define CHIMERACCODECOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  chimeraccodecommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 3/30/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "chimera.h"
  16
  17
  18 /***********************************************************/
  19
  20 class ChimeraCcodeCommand : public Command {
  21 public:
  22         ChimeraCcodeCommand(string);
  23         ChimeraCcodeCommand();
  24         ~ChimeraCcodeCommand(){}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "chimera.ccode";               }
  28         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  29         string getHelpString();
  30         string getCitation() { return "Evaluating putative chimeric sequences from PCR-amplified products' paper by Juan M. Gonzalez, Johannes Zimmerman and Cesareo Saiz-Jimenez. http://www.mothur.org/wiki/Chimera.ccode"; }
  31
  32         int execute();
  33         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  34
  35
  36 private:
  37         struct linePair {
  38                 unsigned long int start;
  39                 unsigned long int end;
  40                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  41         };
  42         vector<int> processIDS;   //processid
  43         vector<linePair*> lines;
  44
  45         int driver(linePair*, string, string, string);
  46         int createProcesses(string, string, string);
  47
  48         #ifdef USE_MPI
  49         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  50         #endif
  51
  52         bool abort, filter;
  53         string fastafile, templatefile, outputDir, maskfile;
  54         int processors, window, numwanted, numSeqs, templateSeqsLength;
  55         Chimera* chimera;
  56         vector<string> fastaFileNames;
  57         vector<string> outputNames;
  58 };
  59
  60 /***********************************************************/
  61
  62 #endif
  63