chimeraccodecommand.h

   1 #ifndef CHIMERACCODECOMMAND_H
   2 #define CHIMERACCODECOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  chimeraccodecommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 3/30/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "chimera.h"
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  17
  18 /***********************************************************/
  19
  20 class ChimeraCcodeCommand : public Command {
  21 public:
  22         ChimeraCcodeCommand(string);
  23         ~ChimeraCcodeCommand();
  24         int execute();
  25         void help();
  26
  27
  28 private:
  29         struct linePair {
  30                 unsigned long int start;
  31                 unsigned long int end;
  32                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  33         };
  34         vector<int> processIDS;   //processid
  35         vector<linePair*> lines;
  36
  37         int driver(linePair*, string, string, string);
  38         int createProcesses(string, string, string);
  39
  40         #ifdef USE_MPI
  41         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  42         #endif
  43
  44         bool abort, filter;
  45         string fastafile, templatefile, outputDir, maskfile;
  46         int processors, window, numwanted, numSeqs, templateSeqsLength;
  47         Chimera* chimera;
  48         vector<string> fastaFileNames;
  49         vector<string> outputNames;
  50
  51
  52 };
  53
  54 /***********************************************************/
  55
  56 #endif
  57