chimeraccodecommand.h

   1 #ifndef CHIMERACCODECOMMAND_H
   2 #define CHIMERACCODECOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  chimeraccodecommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 3/30/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "chimera.h"
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  17
  18 /***********************************************************/
  19
  20 class ChimeraCcodeCommand : public Command {
  21 public:
  22         ChimeraCcodeCommand(string);
  23         ChimeraCcodeCommand();
  24         ~ChimeraCcodeCommand(){}
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "chimera.ccode";               }
  28         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  29
  30         string getHelpString();
  31     string getOutputPattern(string);
  32         string getCitation() { return "Gonzalez JM, Zimmermann J, Saiz-Jimenez C (2005). Evaluating putative chimeric sequences from PCR-amplified products. Bioinformatics 21: 333-7. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Chimera.ccode"; }
  33         string getDescription()         { return "detect chimeric sequences"; }
  34
  35         int execute();
  36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
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  39 private:
  40         struct linePair {
  41                 unsigned long long start;
  42                 unsigned long long end;
  43                 linePair(unsigned long long i, unsigned long long j) : start(i), end(j) {}
  44         };
  45         vector<int> processIDS;   //processid
  46         vector<linePair*> lines;
  47
  48         int driver(linePair*, string, string, string);
  49         int createProcesses(string, string, string);
  50
  51         #ifdef USE_MPI
  52         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long long>&);
  53         #endif
  54
  55         bool abort, filter, save;
  56         string fastafile, templatefile, outputDir, maskfile;
  57         int processors, window, numwanted, numSeqs, templateSeqsLength;
  58         Chimera* chimera;
  59         vector<string> fastaFileNames;
  60         vector<string> outputNames;
  61 };
  62
  63 /***********************************************************/
  64
  65 #endif
  66