ccode.h

   1 #ifndef CCODE_H
   2 #define CCODE_H
   3
   4 /*
   5  *  ccode.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 8/24/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss LAB. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "chimera.h"
  14 #include "dist.h"
  15 #include "decalc.h"
  16
  17 //This class was created using the algorythms described in the
  18 // "Evaluating putative chimeric sequences from PCR-amplified products" paper
  19 //by Juan M. Gonzalez, Johannes Zimmerman and Cesareo Saiz-Jimenez.
  20
  21 /***********************************************************/
  22
  23 class Ccode : public Chimera {
  24
  25         public:
  26                 Ccode(string, string);
  27                 ~Ccode();
  28
  29                 void getChimeras();
  30                 void print(ostream&);
  31
  32                 void setCons(string c)          {}
  33                 void setQuantiles(string q) {}
  34
  35
  36         private:
  37
  38                 Dist* distCalc;
  39                 DeCalculator* decalc;
  40                 int iters;
  41                 string fastafile, templateFile;
  42
  43
  44                 vector<linePair*> lines;
  45                 vector<linePair*> templateLines;
  46                 vector<Sequence*> querySeqs;
  47                 vector<Sequence*> templateSeqs;
  48                 vector< map<int, int> > spotMap;
  49                 map<int, int>::iterator it;
  50
  51                 vector< vector<int> > windows; //windows[0] is the vector of window breaks for querySeqs[0]
  52                 vector<int> windowSizes;  //windowSizes[0] is the size of the windows for querySeqs[0]
  53                 vector< map<int, int> > trim;  //trim[0] is the map containing the starting and ending positions for querySeqs[0] set of seqs
  54                 vector< vector<SeqDist> > closest;  //closest[0] is a vector of sequence at are closest to queryseqs[0]...
  55                 vector< vector<float> > averageRef;  //averageRef[0] is the average distance at each window for the references for querySeqs[0]
  56                 vector< vector<float> > averageQuery;  //averageQuery[0] is the average distance at each winow for the query for querySeqs[0]
  57                 vector< vector<float> >  sumRef;  //sumRef[0] is the sum of distances at each window for the references for querySeqs[0]
  58                 vector< vector<float> >  sumSquaredRef;  //sumSquaredRef[0] is the sum of squared distances at each window for the references for querySeqs[0]
  59                 vector< vector<float> > sumQuery;  //sumQuery[0] is the sum of distances at each window for the comparison of query to references for querySeqs[0]
  60                 vector< vector<float> >  sumSquaredQuery;  //sumSquaredQuery[0] is the sum of squared distances at each window for the comparison of query to references for querySeqs[0]
  61                 vector< vector<float> > varRef;  //varRef[0] is the variance among references seqs at each window for querySeqs[0]
  62                 vector< vector<float> > varQuery;  //varQuery[0] is the variance among references and querySeqs[0] at each window
  63                 vector< vector<float> > sdRef;  //sdRef[0] is the standard deviation of references seqs at each window for querySeqs[0]
  64                 vector< vector<float> > sdQuery;  //sdQuery[0] is the standard deviation of references and querySeqs[0] at each window
  65                 vector< vector<float> > anova;  //anova[0] is the vector of anova scores for each window for querySeqs[0]
  66                 vector<int> refCombo;  //refCombo[0] is the number of reference sequences combinations for querySeqs[0]
  67                 vector< vector<bool> > isChimericConfidence;  //isChimericConfidence[0] indicates whether querySeqs[0] is chimeric at a given window according to the confidence limits
  68                 vector< vector<bool> > isChimericTStudent;  //isChimericConfidence[0] indicates whether querySeqs[0] is chimeric at a given window according to the confidence limits
  69                 vector< vector<bool> > isChimericANOVA;  //isChimericConfidence[0] indicates whether querySeqs[0] is chimeric at a given window according to the confidence limits
  70
  71                 vector< vector<SeqDist> > findClosest(int, int, int);
  72                 void removeBadReferenceSeqs(vector<SeqDist>&, int);  //removes sequences from closest that are to different of too similar to eachother.
  73                 void trimSequences(int);
  74                 vector<int> findWindows(int);
  75                 void getAverageRef(vector<SeqDist>, int);               //fills sumRef[i], averageRef[i], sumSquaredRef[i] and refCombo[i].
  76                 void getAverageQuery (vector<SeqDist>, int);    //fills sumQuery[i], averageQuery[i], sumSquaredQuery[i].
  77                 void findVarianceRef (int);                                             //fills varRef[i] and sdRef[i] also sets minimum error rate to 0.001 to avoid divide by 0.
  78                 void findVarianceQuery (int);                                   //fills varQuery[i] and sdQuery[i]
  79                 void determineChimeras (int);                                   //fills anova, isChimericConfidence[i], isChimericTStudent[i] and isChimericANOVA[i].
  80
  81                 int getDiff(string, string);  //return number of mismatched bases, a gap to base is not counted as a mismatch
  82                 float getT(int);
  83                 float getF(int);
  84
  85                 void createProcessesClosest();
  86                 void createProcessesRemoveBad();
  87                 void createProcessesAverages();
  88                 void createProcessesVariances();
  89                 void createProcessesDetermine();
  90
  91 };
  92
  93 /***********************************************************/
  94
  95 #endif
  96
  97