ccode.h

   1 #ifndef CCODE_H
   2 #define CCODE_H
   3
   4 /*
   5  *  ccode.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 8/24/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss LAB. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "chimera.h"
  14 #include "dist.h"
  15 #include "decalc.h"
  16
  17 /***********************************************************/
  18 //This class was created using the algorythms described in the
  19 // "Evaluating putative chimeric sequences from PCR-amplified products" paper
  20 //by Juan M. Gonzalez, Johannes Zimmerman and Cesareo Saiz-Jimenez.
  21
  22 /***********************************************************/
  23
  24 class Ccode : public Chimera {
  25
  26         public:
  27                 Ccode(string, string);
  28                 ~Ccode();
  29
  30                 int getChimeras(Sequence* query);
  31                 void print(ostream&, ostream&);
  32                 void printHeader(ostream&);
  33         private:
  34
  35                 Dist* distCalc;
  36                 DeCalculator* decalc;
  37                 int iters;
  38                 string fastafile, mapInfo;
  39
  40                 Sequence* querySeq;
  41
  42                 map<int, int> spotMap;
  43                 map<int, int>::iterator it;
  44
  45                 vector<int>  windows; //windows is the vector of window breaks for query
  46                 int windowSizes;  //windowSizes is the size of the windows for query
  47                 map<int, int> trim;  //trim is the map containing the starting and ending positions for query
  48                 vector<SeqDist>  closest;  //closest is a vector of sequence at are closest to query
  49                 vector<float>  averageRef;  //averageRef is the average distance at each window for the references for query
  50                 vector<float>  averageQuery;  //averageQuery is the average distance at each winow for the query for query
  51                 vector<float>   sumRef;  //sumRef is the sum of distances at each window for the references for query
  52                 vector<float>   sumSquaredRef;  //sumSquaredRef is the sum of squared distances at each window for the references for query
  53                 vector<float> sumQuery;  //sumQuery is the sum of distances at each window for the comparison of query to references for query
  54                 vector<float>  sumSquaredQuery;  //sumSquaredQuery is the sum of squared distances at each window for the comparison of query to references for query
  55                 vector<float> varRef;  //varRef is the variance among references seqs at each window for query
  56                 vector<float> varQuery;  //varQuery is the variance among references and query at each window
  57                 vector<float> sdRef;  //sdRef is the standard deviation of references seqs at each window for query
  58                 vector<float> sdQuery;  //sdQuery is the standard deviation of references and query at each window
  59                 vector<float> anova;  //anova is the vector of anova scores for each window for query
  60                 int refCombo;  //refCombo is the number of reference sequences combinations for query
  61                 vector<bool>  isChimericConfidence;  //isChimericConfidence indicates whether query is chimeric at a given window according to the confidence limits
  62                 vector<bool>  isChimericTStudent;  //isChimericConfidence indicates whether query is chimeric at a given window according to the confidence limits
  63                 vector<bool>  isChimericANOVA;  //isChimericConfidence indicates whether query is chimeric at a given window according to the confidence limits
  64
  65                 vector<SeqDist>  findClosest(Sequence*, int);
  66                 void removeBadReferenceSeqs(vector<SeqDist>&);  //removes sequences from closest that are to different of too similar to eachother.
  67                 void trimSequences(Sequence*);
  68                 vector<int> findWindows();
  69                 void getAverageRef(vector<SeqDist>);            //fills sumRef, averageRef, sumSquaredRef and refCombo.
  70                 void getAverageQuery (vector<SeqDist>, Sequence*);      //fills sumQuery, averageQuery, sumSquaredQuery.
  71                 void findVarianceRef ();                                                //fills varRef and sdRef also sets minimum error rate to 0.001 to avoid divide by 0.
  72                 void findVarianceQuery ();                                      //fills varQuery and sdQuery
  73                 void determineChimeras ();                                      //fills anova, isChimericConfidence, isChimericTStudent and isChimericANOVA.
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  75                 int getDiff(string, string);  //return number of mismatched bases, a gap to base is not counted as a mismatch
  76                 float getT(int);
  77                 float getF(int);
  78 };
  79
  80 /***********************************************************/
  81
  82 #endif
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  84