blastdb.hpp

   1 #ifndef BLASTDB_HPP
   2 #define BLASTDB_HPP
   3
   4
   5 /*
   6  *  blastdb.hpp
   7  *
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 12/22/08.
  10  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16
  17 class BlastDB : public Database {
  18
  19 public:
  20         BlastDB(float, float, float, float);
  21         ~BlastDB();
  22
  23         void generateDB();
  24         void addSequence(Sequence);
  25         vector<int> findClosestSequences(Sequence*, int);
  26         map<int, float> findClosest(Sequence*, int); //template index -> searchscore
  27
  28 private:
  29         string dbFileName;
  30         string queryFileName;
  31         string blastFileName;
  32         string path;
  33
  34         int count;
  35         float gapOpen;
  36         float gapExtend;
  37         float match;
  38         float misMatch;
  39         GlobalData* globaldata;
  40 };
  41
  42 #endif