blastdb.hpp

   1 #ifndef BLASTDB_HPP
   2 #define BLASTDB_HPP
   3
   4
   5 /*
   6  *  blastdb.hpp
   7  *
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 12/22/08.
  10  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15
  16 class BlastDB : public Database {
  17
  18 public:
  19         BlastDB(string, float, float, float, float, string, int);
  20         BlastDB(string, int);
  21         BlastDB(const BlastDB& bdb) : dbFileName(bdb.dbFileName), queryFileName(bdb.queryFileName), blastFileName(bdb.blastFileName), path(bdb.path),
  22                                                                         count(bdb.count), gapOpen(bdb.gapOpen), gapExtend(bdb.gapExtend), match(bdb.match), misMatch(bdb.misMatch), Database(bdb) {}
  23         ~BlastDB();
  24
  25         void generateDB();
  26         void addSequence(Sequence);
  27         vector<int> findClosestSequences(Sequence*, int);
  28         vector<int> findClosestMegaBlast(Sequence*, int, int);
  29
  30 private:
  31
  32         string scrubName(string);
  33
  34         string dbFileName;
  35         string queryFileName;
  36         string blastFileName;
  37         string path;
  38
  39         int count, threadID;
  40         float gapOpen;
  41         float gapExtend;
  42         float match;
  43         float misMatch;
  44
  45 };
  46
  47 #endif