blastdb.hpp

   1 #ifndef BLASTDB_HPP
   2 #define BLASTDB_HPP
   3
   4
   5 /*
   6  *  blastdb.hpp
   7  *
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 12/22/08.
  10  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15
  16 class BlastDB : public Database {
  17 public:
  18         BlastDB(string, float, float, float, float);
  19         ~BlastDB();
  20         Sequence* findClosestSequence(Sequence*);
  21
  22 private:
  23         string dbFileName;
  24         string queryFileName;
  25         string blastFileName;
  26
  27         float gapOpen;
  28         float gapExtend;
  29         float match;
  30         float misMatch;
  31         Sequence* emptySequence;
  32 };
  33
  34 #endif