blastalign.hpp

   1 /*
   2  *  blastalign.hpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 12/16/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  *      This is a basic alignment method that gets the blast program to do the heavy lifting.  In the future, we should
   9  *      probably incorporate NCBI's library so that we don't have to call on a user-supplied executable.  This is a child
  10  *      of the Alignment class, which requires a constructor and align method.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16
  17 class BlastAlignment : public Alignment {
  18
  19 public:
  20         BlastAlignment(float, float, float, float);
  21         ~BlastAlignment();
  22         void align(string, string);
  23         void setMatrix(int){};
  24
  25 private:
  26
  27         string candidateFileName;
  28         string templateFileName;
  29         string blastFileName;
  30         string path;
  31
  32         void setPairwiseSeqs();
  33         float match;
  34         float mismatch;
  35         float gapOpen;
  36         float gapExtend;
  37         GlobalData* globaldata;
  38 };
  39